Медицинская помощь населению Рубцовска оказывается восемью муниципальными учреждениями здравоохранения. На базе поликлиник муниципальных учреждений здравоохранения развернуто 118 коек, коек с круглосуточным пребыванием больных – 1 115. В здравоохранении города трудятся 4 178 человек, в т.ч. 573 врача, 1694 средних медицинских работника. Обеспеченность врачами на 10 тыс. человек населения – 36,9 (край – 41,6, село – 19,8, Барнаул – 43,6, г.Белокуриха – 32,4), средними медработниками – 109 (край – 97,6, село – 78,8).

По родовым сертификатам в 2009 году в муниципальные учреждения здравоохранения Рубцовска поступили денежные средства в сумме 21822,0 тыс. руб. На выплату заработной платы и начисление на оплату труда направлено 9 764,0 тыс. руб. В рамках национального проекта «Здоровье» в 2009 году поступило диагностическое оборудование на сумму 364,0 тыс.руб. в МУЗ «Городская больница №1», «Городская больница №3», «Детская городская больница».

Всего за 2009 год сумма отпущенных медикаментов составила 38 млн. 251 тыс. 245 руб. Врачами выписано 109 836 бесплатных рецептов, 99,8% из них обеспечено. Средняя стоимость одного бесплатного рецепта составила 347,15 руб. Средняя сумма, истраченная на одного обеспеченного больного – 7 727,52 руб.
В 2009 год приняты 4 муниципальные целевые программы.

Расходы на здравоохранение города в 2009 году составили: на одного жителя – 4 251,8 руб., стоимость 1 посещения – 204,66 руб., 1 вызов СМП – 822,1 руб.

Финансирование системы здравоохранения Рубцовска в 2009году:

• Муниципальный бюджет – 144 040,9 тыс. руб. (текущее содержание, муниципальные целевые программы)
• Краевой бюджет за – 7 499,7 тыс. руб. (краевые целевые программы).
• ТФОМС – 367 417,0 тыс. руб.